Conan, dkk. datang ke Miracle Land, tempat yang ditunjuk klien yang meminta mereka melakukan investigasi. Free pass ID berbentuk jam tangan yang diberikan kepada mereka semua di sana ternyata dipasangi bom dan akan meledak jika mereka tidak dapat memecahkan kasus dalam waktu dua belas jam! Conan pun memulai investigasi demi menyelamatkan Ran dan kelompok detektif cilik yang tidak tahu apa-apa. Di tengah penyelidikan, dia bertemu dengan Heiji Hattori dan Saguru Hakuba yang memakai ID yang sama. Bahkan Kaito Kid pun muncul…!!